Potrebbe derivare dal nome della pianta santonico, detta anche artemisia marittima o assenzio marittimo, usata in erboristeria come purificante del sangue e vermifugo, probabilmente ad indicare che i capostipiti fossero dei guaritori o degli erboristi.
Il cognome Santonico è tipicamente laziale, con ceppi a Roma e nel frusinate. Santonici è quasi unico.