Potrebbe derivare da un soprannome legato al vocabolo dialettale sardo sanna che significa "zanna/spunzone" e quindi indicare una dentatura pronunciata del capostipite o l'abitare in prossimità di uno sperone roccioso. La diffusione del cognome potrebbe inoltre essere legata al culto per le Sante e Beate di nome Osanna.
Il cognome Sanna è specifico della Sardegna ed è presente a partire dal 1119 nelle carte antiche dell'isola.