Potrebbe derivare da soprannomi originati dal termine sardo pruna, "prugna, susina", oppure da da idronimi come il campidanese Corr'e pruna, da oronimi come il nuorese Punta sa Pruna, o da toponimi come la cagliaritana Cala pruna.
Il cognome Pruna è tipico della Sardegna meridionale. Prunas, abbastanza raro, ha un piccolo ceppo in Sardegna, soprattutto nella parte settentrionale dell'isola, uno a Roma ed uno nell'alessandrino.