Potrebbe derivare dal fatto che il capostipite fosse l'equivalente di un architetto, cioè fosse il responsabile di una fabbrica edile nella costruzione di chiese o palazzi.
Il cognome Protomastro, molto raro, è pugliese, dell'area foggiano barese.
Il cognome Protomastro è 11095° nella regione Puglia Il cognome Protomastro è 2498° nella provincia di Barletta-Andria-Trani Il cognome Protomastro è 120° nel comune di POGGIORSINI (BA)