Dovrebbe derivare dal nome medioevale Ponzonis derivato a sua volta dal nomen latino Pontius. Del nome si ha traccia verso la fine del 700 in un documento scritto a Cerchio (AQ) si legge: "...quas tenet Berardus filius Ponzonis…".
Si hanno tracce della cognomizzazione già nel 1124 in un atto nel Codice Diplomatico della Lombardia medievale: "...Amizonis de Silano et Arderici Scancii de Mediolano et Alberti Ponzonis, similiter testium...".
Il cognome Ponzoni più diffuso sembra del bresciano e cremonese.