Potrebbe derivare da un soprannome originato dal vocabolo dialettale pernigott, "pernice", forse motivato da caratteristiche fisiche del capostipite, oppure da un toponimo come ad esempio Pernigotti (VR).
Il cognome Pernigotti è tipico di Tortona nell'alessandrino, con un ceppo secondario anche a Torino e Genova.
Il cognome Pernigotti è 1870° nella regione Piemonte Il cognome Pernigotti è 207° nella provincia di Alessandria Il cognome Pernigotti è 1° nel comune di QUARANTI (AT)