Deriva dal nome femminile latino Perna di cui Perla è il derivato. In altri casi il cognome potrebbe derivare da nomi di località.
Tracce di questa cognomizzazione si hanno nel 1108 in un atto redatto a Napoli, dove si può leggere: "...Iohanne quamque Petrum uterinis germanis filiis quondam Martini primicerii qui nominatur Perna. habitatoribus in loco qui vocatur capitinianum at sanctum Sergium que est foris flubeum...".
Il cognome Perna è maggiormente concentrato nel napoletano. La Perna è siciliano.