Potrebbe derivare da soprannomi basati sul termine latino pagus, "villaggio", indicando probabilmente che i capostipiti provenissero non dalle campagne, ma da un villaggio.
Non si esclude l'ipotesi che possa trattarsi di una forma dialettale veneta di ipocoristici del termine paggio.
Il cognome Pagin è tipicamente veneto, del padovano e del veneziano. Pagini ha un ceppo nel padovano ed ha qualche presenza nel pesarese.