Potrebbe derivare dal termine latino paganus, da pagus ("villaggio") ed indicare una famiglia "che vive nel villaggio" inteso come "chi abita fuori dalla città". Nel Medioevo inoltre era usanza definire "pagani" i popoli non ancora convertiti alla fede cristiana (germanici, arabi, saraceni).
E' inoltre possibile che il cognome derivi da uno dei vari toponimi presenti in Italia.
Il cognome Pagano è panitaliano, con maggiore concentrazione al sud in particolare in Campania, Sicilia e Puglia.