Dovrebbe derivare dal nome medioevale Nencio diminutivo dialettale toscano di Lorenzo.
Si hanno tracce scritte ad esempio nel 1400 con tal "...Nencio di Matteo Chotigniuola manovale...", o anche con: "...Nencius Mecheri Buongiannis soldos tredecim denarios sex".
Il cognome Nencioni è specifico dell'area coperta dalle province di Pisa e Firenze.
Il cognome Nencioni è 209° nella regione Toscana Il cognome Nencioni è 73° nella provincia di Firenze Il cognome Nencioni è 4° nel comune di SAN GIMIGNANO (SI)