Potrebbe derivare dal fatto che il capostipite avesse origini orientali o addirittura turche, dall'aferesi del termine greco anatoli, "est, oriente", o dal nome della regione turca Anatolia.
Cognome di famiglia nobile: si ricordano i Baroni Natoli di Messina (fu ministro della Pubblica Istruzione il barone Giuseppe Natoli (1815-1867)); nella seconda metà del 1500 Giovanni Forti Natoli con il titolo di primo principe fu Signore di Sperlinga (EN); verso la fine del 1600, il Principe Francesco Natoli Alifia era un potente di Riposto (CT).
Il cognome Natoli è tipico della Sicilia nordorientale. Natolo ha qualche presenza in provincia di Vibo Valentia.