Potrebbe derivare da un toponimo contenente la radice muragl-, come ne esistono vari in giro per l'Italia, ma, molto più probabilmente, deriva dal fatto che il capostipite abitasse in prossimità di un muraglione o di mura cittadine.
Il cognome Muraglia è tipicamente pugliese con un piccolo ceppo anche a Palermo e nel sassarese. Muraglie è quasi unico.