Dovrebbe derivare da un soprannome legato al mestiere di mugnaio svolto dal capostipite.
Il cognome Mugnaini è tipico della Toscana, delle province di Firenze e Siena in particolare.
Il cognome Mugnaini è 147° nella regione Toscana Il cognome Mugnaini è 38° nella provincia di Siena Il cognome Mugnaini è 1° nel comune di SAN GIMIGNANO (SI)