Dovrebbe derivare dal nome medioevale Moschinus legato a sua volta al nome dell'insetto, la mosca, e utilizzato come soprannome per indicare una persona fastidiosa e molesta.
Tracce di questa cognomizzazione si trovano ne La vita di Benvenuto Cellini, dove si legge tra l'altro: "...E' ne faceva uno Giovanni Fiammingo ne' chiostri di Santa Croce, e uno ne faceva Vincenzio Danti, perugino, in casa messer Ottaviano de' Medici; un altro ne cominciò il figliuolo del Moschino a Pisa, ...".
Il cognome Moschen è tipico trentino. Moschin è padovan. Moschino, rarissimo, potrebbe avere oltre al ceppo veneziano, anche uno nel pavese ed alessandrino ed uno nel napoletano.
Il cognome Moschin è 3249° nella regione Veneto Il cognome Moschin è 1243° nella provincia di Padova Il cognome Moschin è 42° nel comune di SACCOLONGO (PD)