Potrebbe derivare dal cognome tedesco Monaun a sua volta legato al toponimo Mönau vicino a Dresda in Germania, oppure da un soprannome generato dal termine medioevale germanico mōnēn, "affrettarsi, spicciarsi".
Secondo un'altra ipotesi deriverebbe da Mons Aununia cioé dalla Val di Non (gli aununi erano i pagani nell'epoca romana).
Il cognome Monauni è specifico del Trentino Alto Adige.