Potrebbe derivare dal toponimo Missaglia (LC) oppure dal termine medioevale massalia (masseria) riferendosi così ad abitanti o padroni di un podere.
Il casato dei Missaglia detenne feudi nel milanese fin dal 1200 e nel comasco.
Il cognome Missaglia è specifico dell'alto milanese e della zona nordoccidentale della Lombardia, ma presenta anche un ceppo probabilmente non secondario nel padovano. Missiaglia, rarissimo, è quasi sicuramente dovuto a errori di trascrizione.
Il cognome Missiaglia è 11336° nella regione Veneto Il cognome Missiaglia è 4130° nella provincia di Padova Il cognome Missiaglia è 59° nel comune di MERLARA (PD)