Dovrebbe derivare dalla forma grecanica dell'etnico di Mili San Pietro che è una frazione collinare della città di Messina oppure da un altro toponimo, ad indicare probabilmente la provenienza delle famiglie da quel paese.
Il cognome Milioto è tipico siciliano, dell'agrigentino in particolare. Militano è maggiormente presente in Calabria ed in Sicilia. Milioti è tipico del messinese, con ceppi anche nell'agrigentino. Militi è specifico del catanese e del messinese. Militti, molto raro, è specifico del siracusano.
Il cognome Milioto è 1504° nella regione Sicilia Il cognome Milioto è 173° nella provincia di Agrigento Il cognome Milioto è 5° nel comune di SANTA ELISABETTA (AG)