Potrebbe derivare da toponimi come Merlino (LO) o dal nome medioevale italiano Merlino. Di quest'uso si ha un esempio nel Codice Diplomatico della Lombardia Medioevale a Lodi nel 1180: "...Interrogatus cui episcopo fuit data guadia, dixit quod in tempore Alberici de Merlino quondam episcopi fuit data guadia Marchesio de Fosadolto, gastoldo eius...".
Il cognome Merlino è maggiormente concentrato in Sicilia, nel messinese, e nel Piemonte occidentale.
Il cognome Merlino è 623° nella regione Sicilia Il cognome Merlino è 76° nella provincia di Messina Il cognome Merlino è 1° nel comune di TARANTA PELIGNA (CH)