Potrebbe derivare da toponimi come Merlino (LO) o dal nome medioevale italiano Merlino. Di quest'uso si ha un esempio nel Codice Diplomatico della Lombardia Medioevale a Lodi nel 1180: "...Interrogatus cui episcopo fuit data guadia, dixit quod in tempore Alberici de Merlino quondam episcopi fuit data guadia Marchesio de Fosadolto, gastoldo eius...".
Il cognome Merlin è tipico del Veneto e della Lombardia occidentale.