Potrebbe derivare dal toponimo Mercallo (dal latino mercatalis, "terra di mercato") della provincia di Varese, probabile luogo di origine del capostipite.
Un principio di questa cognominizzazione si trova nella seconda metà del 1500 in un atto notarile a Ternate (VA): "...circa dove se dice all'Orio appresso alle Pianelle, al quale ha conuerenza da una parte il signor Cesaro Besozzo, da un'altra parte Paolo Soresina et dall'altre due parti Bernardino ditto de Mercallo et strada...".
Il cognome Mercalli è tipicamente lombardo, soprattutto della zona compresa tra milanese, varesotto ed alto pavese, ed ha presenze nel novarese. Marcalli è rarissimo.
Il cognome Mercalli è 5381° nella regione Sardegna Il cognome Mercalli è 471° nella provincia di Novara Il cognome Mercalli è 22° nel comune di NIBBIOLA (NO)