Dovrebbe derivare da varie forme neogreche per ape ad indicare forse la professione di apicultore del capostipite, oppure dal toponimo Melissa (KR) o da variazioni del nome di origine greca Melissa (la ninfa che fece innamorare il Dio Apollo).
Il cognome Melissa parrebbe avere un ceppo nell'udinese ed uno calabrese. Melisse, Melissi e Melisso sono rarissimi e dovrebbero tutti avere origini meridionali.
Il cognome Melissi è 13792° nella regione Calabria Il cognome Melissi è 6373° nella provincia di Arezzo Il cognome Melissi è 505° nel comune di OLGINATE (LC)