Potrebbe derivare da modificazioni del praenomen latino Marcus, "dedicato a dio Marte", oppure essere legato al capostipite nato nel mese di marzo o ancora da un soprannome originato dall'antico termine dialettale veneto marzoto, "zotico, villano".
Il cognome Marzotto è veneto, del vicentino, del veneziano e del padovano. Marzotta, rarissimo, sembrerebbe meridionale. Marzotti, molto raro, ha un piccolo ceppo nell'aretino ed uno nel romano.
Il cognome Marzotta è 8468° nella regione Puglia Il cognome Marzotta è 2270° nella provincia di Lecce Il cognome Marzotta è 19° nel comune di SAN CASSIANO (LE)