Deriva dal nome medioevale Marcantonius dovuto alla fusione dei nomi Marcus ed Antonius. Del nome si ha un illustre esempio con il poeta latino Marcantonius Flaminius nato a Vittorio Veneto nel 1498.
Il cognome Marcantonio è tipico del centrosud, del Lazio, Abruzzo, Campania, Molise, Puglia, Campania, Basilicata e Sicilia. Marcantoni ha un ceppo nel basso trentino ed a Trento, uno nelle Marche nel pesarese e nell'anconetano, uno in Toscana ed uno a Roma.
Il cognome Marcantonio è 972° nella regione Basilicata Il cognome Marcantonio è 628° nella provincia di Potenza Il cognome Marcantonio è 6° nel comune di PICERNO (PZ)