Potrebbe derivare, direttamente o tramite una forma ipocoristica, dal termine malgaro, cioè un mandriano usufruitore delle malghe (ricoveri di pascoli montani), attività probabilmente svolta dal capostipite.
Il cognome Malgari ha qualche presenza in Sardegna e nel centro Italia. Malgara è rarissimo. Malgarotti, molto raro, è tipico dell'alto bresciano. Malgarotto, estremamente raro, sembrerebbe veneziano.
Il cognome Malgarotti è 15185° nella regione Lombardia Il cognome Malgarotti è 2847° nella provincia di Brescia Il cognome Malgarotti è 15° nel comune di SONICO (BS)