Dovrebbe derivare da un soprannome originato dall'attività di mandriano svolta dal capostipite, cioè di un usufruitore delle malghe (ricoveri di pascoli montani), oppure dal nome rinascimentale Malgarino di cui si ha un esempio nell'Orlando innamorato di Matteo Maria Boiardo (1441-1494): "...Questo è il re Stordilano, e Malgarino - E Baricondo è seco e Sinagone, - E Maradasso più gli era vicino: - La schiera guida al campo Falcirone....".
Il cognome Malgarini è tipico del milanese con un piccolo ceppo anche nel mantovano. Malgarin, rarissimo è del vicentino.
Il cognome Malgarin è 17978° nella regione Veneto Il cognome Malgarin è 4214° nella provincia di Vicenza Il cognome Malgarin è 64° nel comune di MONTE DI MALO (VI)