Potrebbe derivare dal nome della contrada Malaponte di Cesarò nel messinese, anche se non si può escludere che possa derivare da soprannomi originati dal termine grecanico μάλαπόντος, "grande mare", forse ad indicare che i capostipiti provenivano dall'oceano.
Il cognome Malaponti è siciliano, ha un ceppo nel messinese, a Catania e nell'ennese. Malaponte è specifico del catanese.
Il cognome Malaponte è 5610° nella regione Sicilia Il cognome Malaponte è 1412° nella provincia di Catania Il cognome Malaponte è 225° nel comune di CAPIAGO INTIMIANO (CO)