Dovrebbe derivare da un soprannome forse originato da caratteristiche comportamentali del capostipite.
Tracce di questa cognominizzazione si trovano nel trentino almeno dalla prima metà del 1400 e così pure a Spoleto in un testo del 1414 dove si legge: "...Li caporali de Re eranu Sforza da cotogniola, Paulu Ursinu, lu Conte da Carrara, Malatesta da Cesena, messer Malacarne et Tartaglia...:". Vi è inoltre a Riva del Garda un registro comunale relativo all'anno 1619: "...Laurentius filius domini Ioseph Orlandi alias de Malacarnis...".
Il cognome Malacarne ha ceppi nel trentino, nel bellunese, nel pisano ed in Lombardia. Malacarni, nato probabilmente da errori di trascrizione, è toscano.
Il cognome Malacarni è 12237° nella regione Toscana Il cognome Malacarni è 2457° nella provincia di Grosseto Il cognome Malacarni è 852° nel comune di GROSSETO (GR)