Dovrebbe derivare da una forma dialettale riferita al nome dell'antica città ionica di Magnesia, il cui nome in greco antico era Maghnisìa, una città della Tessaglia da cui probabilmente erano giunti i capostipiti, forse in fuga all'epoca dell'invasione turca nel XVI secolo.
Il cognome Manghisi è pugliese, specifico del barese. Manghisio è probabilmente il frutto di un'errata trascrizione del precedente e sembrerebbe unico. Magnisi è specifico di Bari.
Il cognome Magnisi è 5748° nella regione Puglia Il cognome Magnisi è 2329° nella provincia di Bari Il cognome Magnisi è 274° nel comune di CASTEL D'AIANO (BO)