Dovrebbe derivare, direttamente o attraverso una forma ipocoristica, dal vocabolo dialettale magnan che identificava il "calderaio" ossia chi faceva e aggiustava le pentole, oppure dai toponimi come Magnano (BI) e Magnano in Riviera (UD).
Il cognome Magnini è specifico delle Marche. Magnino, raro, è piemontese, del cuneese e del torinese.