Dovrebbe derivare dal soprannome dialettale Magagna legato ai termini latini manca/mancum, che significano "debole, difettoso".
Si trovano tracce di questa cognomizzazione nel 1506 a Viterbo, dove, in un atto, figura un certo Domenico Magagnini, incaricato assieme ad altri due di costruire la parte muraria del Coro della chiesa della Madonna della Cerqua.
Il cognome Magagnin, molto raro, è tipico del Veneto, in particolare del trevigiano. Magagnini sembra avere ceppi nell'anconetano e maceratino e nel livornese. Magagnino è presente nel leccese.
Il cognome Magagnino è 5942° nella regione Puglia Il cognome Magagnino è 1491° nella provincia di Lecce Il cognome Magagnino è 18° nel comune di GIUGGIANELLO (LE)