Dovrebbe derivare dal soprannome dialettale legato al termine latino manca, "debole, imperfetto", in seguito associato alla mano sinistra ed ai mancini.
I cognomi Magagna e Magagni sono tipici del centro-nord. Magagnin è veneto. Magagnini è marchigiano. Magagnoli è emiliano.
Il cognome Magagni è 4250° nella regione Emilia-Romagna Il cognome Magagni è 1363° nella provincia di Bologna Il cognome Magagni è 82° nel comune di MINERBIO (BO)