Potrebbe derivare da un soprannome basato sul termine dialettale pugliese iuncu, "giunco", a sua volta derivato dal vocabolo latino iuncus con il medesimo significato, probabilmente ad indicare che il capostipite lavorasse la pianta del giunco per farne canestri o altri oggetti simili.
Il cognome Iunco è specifico del Salento, del tarantino e del brindisino. Iunca è unico.