Potrebbe derivare da un soprannome originato dal termine sardo isòni che indica il "corbezzolo" (arbutus unedo), che è parte integrante della flora della Sardegna, forse ad individuare la zona di origine del capostipite caratterizzata dalla presenza di molti corbezzoli.
Il cognome Isoni è tipicamente sardo, della parte settentrionale dell'isola in particolare, in Gallura, nel sassarese e nell'oristanese.