La sua origine va ricercata nell'unione fra il prefisso inter- (variante del più comune in-, con valore prostetico) e il nome medievale Donato, ad indicare che il capostipite era un signore di nome Donato.
Il cognome Interdonato è siciliano, specifico del messinese e del ragusano, con sparute presenze anche nel reggino. Interdonati è praticamente unico.