Dovrebbe derivare da una modificazione del nome medioevale Guarino.
Si trovano tracce di questa cognomizzazione a Genova nel 1600 con il Padre Ignazio Guarnotto di Gesù Maria Vice-Ministro delle Scuole Pie di Genova.
Il cognome Guarnotta sembra avere un ceppo trapanese ed uno livornese.
Il cognome Guarnotta è 4395° nella regione Sicilia Il cognome Guarnotta è 849° nella provincia di Trapani Il cognome Guarnotta è 179° nel comune di NARZOLE (CN)