Dovrebbe derivare dal nome del paese di Guagnano in provincia di Lecce, probabile luogo d'origine del capostipite.
Il cognome Guagnano è tipicamente pugliese, del barese, del tarentino e del leccese.
Il cognome Guagnano è 1351° nella regione Puglia Il cognome Guagnano è 908° nella provincia di Taranto Il cognome Guagnano è 19° nel comune di NOCI (BA)