Dovrebbe derivare da modificazioni dell'aferesi del nome Agnese.
Il cognome Gnes è tipico veneziano. Gnesetti, rarissimo, è trentino. Gnesotto è del veronese.
Il cognome Gnesotto è 3259° nella regione Lombardia Il cognome Gnesotto è 104° nella provincia di Lecco Il cognome Gnesotto è 9° nel comune di LECCO (LC)