Potrebbe derivare dal nome medioevale Gnesio a sua volta derivato dal nomen latino Gnesius, riportato su di un'antica lapide romana: "Sub Gnesio Aug(usti) liberto proc(uratore) Neronis Claudi Caes(aris) Aug(usti) Sotas dis(pensator) fec(it)".
Si ricorda ad esempio Gnesio Basapopi scrittore autore di Scherzi in lingua venetiana edito nel 1660.
Il cognome Gnesi è tipico della provincia pisana.