Potrebbe derivare da un soprannome dialettale originato dal vocabolo sganzerla, "spilungone", o anche dal termine gaserla (gamberetto d'acqua dolce).
Tracce di questa cognomizzazione si trovano nel bergamasco nel 1500, in un atto del 1529 un certo Teotaldo Ganzerle de Ganzerletis è sindaco della Misericordia di Urgnano (BG).
I cognomi Ganzerla e Ganzerli sono abbastanza rari e sono tipici del modenese.
Il cognome Ganzerli è 2351° nella regione Emilia-Romagna Il cognome Ganzerli è 361° nella provincia di Modena Il cognome Ganzerli è 5° nel comune di MEDOLLA (MO)