Potrebbe derivare da un soprannome originato da una forma ipocoristica originata dal termine veneto ganassa, "guancia, mascella", forse ad indicare che i capostipiti fossero delle buone forchette e fossero soliti mangiare in modo abbondante, o anche che avessero delle gote paffute.
Il cognome Ganassin è tipicamente veneto, del vicentino e del trevigiano. Ganassini, più raro, è del veronese.
Il cognome Ganassini è 6255° nella regione Trentino-Alto Adige Il cognome Ganassini è 1592° nella provincia di Verona Il cognome Ganassini è 40° nel comune di MONTESCANO (PV)