Dovrebbe derivare dal termine medioevale francese gagnant, "colui che coltiva la terra ed è anche pastore", diventato anche in Francia cognome, oppure potrebbe anche derivare dal termine provenzale gagne, "corso d'acqua", forse ad indicare che il capostipite vivesse vicino ad un fiume o un torrente.
Il cognome Gagna è tipicamente piemontese, del cuneese in particolare.