Dovrebbe derivare dal cognomen latino Fustinus, variazione del più comune Faustinus. Di quest'uso si ha un esempio: "...Anastasius Episcopus sacrae pecuniae prodigus dilapidator, causam tantae profusionis rogatus: Consumo, inquit, omnia, ne Fustino Tyranno furti occasionem relinquam. ...".
Il cognome Fustini sembrerebbe tipico di Bologna e del bolognese.
Il cognome Fustini è 4892° nella regione Trentino-Alto Adige Il cognome Fustini è 1404° nella provincia di Bologna Il cognome Fustini è 23° nel comune di BLEGGIO SUPERIORE (TN)