Potrebbe derivare da soprannomi originati dal termine dialettale emiliano arcaico frenna o fregna, "falce da fieno", forse ad indicare nei capostipiti dei contadini.
Una seconda ipotesi propone sempre la derivazione da un soprannome , ma in questo caso originato dalla contrazione del termine dialettale frègn per ferrigno, "fatto di ferro", ma anche "fermo di carattere, duro come il ferro".
Potrebbe costituire anche un patronimico dal nome proprio latino Frennius o Frenius.
Il cognome Fregni è tipico di Modena e del modenese con presenze significative anche nel bolognese. Fregna, molto raro, è tipico del ferrarese. Fregno è quasi unico.
Il cognome Fregni è 722° nella regione Emilia-Romagna Il cognome Fregni è 100° nella provincia di Modena Il cognome Fregni è 4° nel comune di BOMPORTO (MO)