Potrebbe derivare dal soprannome e poi nome medioevale Ferlinus.
A titolo di esempio si cita un Notaio, tale Guglielmo de Piperellis fu Giovanni Antonio detto Ferlinus di Chiavenna che operava tra la fine del 1500 e gli inizi del 1600.
Il soprannome derivava dalla moneta ferlino a sua volta derivata dall'antico alto tedesco feordha, "quarto", e che rappresentava un quarto di danaro. Il ferlino o ferling era anche una specie di moneta di piombo che veniva data ai lavoranti per dar loro il diritto di riscuotere la paga, quindi per estensione il soprannome ferlino potrebbe anche indicare dei manovali o comunque l'appartenenza ad una bassa forza di lavoro.
Il cognome Ferlini sembrerebbe specifico del bolognese, di Imola e Bologna e di Argenta nel ferrarese. Ferlino sembrerebbe del foggiano.
Il cognome Ferlini è 2015° nella regione Emilia-Romagna Il cognome Ferlini è 935° nella provincia di Bologna Il cognome Ferlini è 2° nel comune di BARBIANELLO (PV)