L'origine va ricercata nel nome medievale Fefé abbreviazione di Raffaele (dall'ebraico Rapha El, "medico di Dio, Dio ha guarito").
Il cognome Fefe, quasi unico, è dovuto ad errori di trascrizione di Fefè che è presente soprattutto al centro con un ceppo nel fiorentino, uno nel maceratese ed uno nel romano.