Dovrebbe derivare, direttamente o attraverso una forma di betacismo, dal cognomen latino Fabillus, Fabilla (da un'aferesi del nome medioevale Raffaello o dal cognomen latino Fabillus o dal nomen Flavilla).
Il cognome Favilli è decisamente toscano, soprattutto nel pisano e nel livornese. Favillo sembrerebbe unico. Fabilli, quasi unico, è del centro Italia. Favilla ha un ceppo toscano, soprattutto nel lucchese, uno nel romano ed uno nel foggiano.