Dovrebbe derivare da un soprannome originato dal vocabolo arabo farrug o farrudja, "pollastro" oppure potrebbe essere legato alla voce calabrese ferrùggia, ferula ossia una bacchetta usata un tempo per castigare gli scolari.
Si trovano tracce di questa cognomizzazione a Malta nel 1400 in un atto: "...Nos Manfreddus Axach Judex annalis curie Civilis Civitatis Maltae Laurentius Farrugius Civitatis et Insularum Maltae et Gaudisii et Reginalis Cammare publicus notarius et testes subscripti..:".
Il cognome Farruggia è tipico della Sicilia, dell'agrigentino in particolare. Farruggio è anch'esso siciliano. Farrugia è quasi unico.
Il cognome Farruggio è 948° nella regione Sicilia Il cognome Farruggio è 219° nella provincia di Ragusa Il cognome Farruggio è 6° nel comune di CAMASTRA (AG)