Dovrebbe derivare dall'aferesi di un diminutivo del nome Stefano.
Di quest'uso si trova un esempio nel Baldus (1517) di Teofilo Folengo: "...Ille est Fanettus, tibi filius et mihi frater...".
Tracce di questa cognomizzazione si trovano in Valtellina fin dal 1500.
Il cognome Fanetti ha un ceppo in Valtellina e nel bresciano ed uno in Toscana tra fiorentino, aretino e senese.