Potrebbe derivare dal nome medioevale Pilla presente nella zona tra Benevento e Foggia, ma non usato altrove; un esempio dell'uso di questo nome si trova nel 1600 con un Pilla degli Alberti pittore.
Secondo un'altra ipotesi deriverebbe da un soprannome legato al termine pillo, un arnese usato per pressare il terreno, forse ad indicare un'attività svolta dal capostipite.
Il cognome Pilla è tipico della zona che comprende le province di Foggia, Campobasso e Potenza, sembra avere anche un nucleo nel trevisano.
Il patronimicoDi Pilla è quasi unico ed è molisano.