Dovrebbe trattarsi di una forma matronimica, dove il De- ed il Di- stanno per "il figlio di", riferiti ad un capostipite la cui madre si chiamasse Perna (Perla), o di una forma patronimica originata dall'aferesi del cognomen latino Perperna.
Il cognome Di Perna è diffuso nel basso Lazio, in Campania, in Puglia e nella Sicilia orientale. De Perna, rarissimo, è del centrosud.